Kostel stál v Cizkrajově zřejmě od počátku existence obce, vázané na sídlo pánů z Bílkova. Do roku 1489 byl pod patronátem pražského kláštera Strážců Božího hrobu na
Zderaze, poté pánů z
Hradce, později majitelů
dačického panství. Dnešní stavba pochází z let
1500–03, uskutečnil ji
stavitel Jörg Estreicher z nedalekých
Slavonic. Kostel sv. Petra a Pavla v Cizkrajově představuje jednu z posledních ukázek čisté jihočeské gotiky.
Věž kostela byla přistavěna až v roce
1503; podle visitační zprávy z roku 1663 byla v té době
dřevěná (pravděpodobně se jednalo o její poslední patro, posazené na dosud patrných krakorcích. Dnes je celá
zděná a přiléhá k severní stěně presbytáře. Ze
zvonů zbyl po válečných rekvizicích pouze
nejstarší, ulitý v roce 1503.
Mobiliář kostela je většinou barokní. Oltáře i kazatelna jsou hojně zdobené ornamentální i figurální řezbou.
Hlavní oltář působí poměrně stroze – tradice vypráví, že řezbář si
ponechával práci na hlavním oltáři až
na konec, ale mezitím bohužel zemřel. Tím pádem působí boční oltáře (Narození Páně, sv. Floriána, sv. Barbory a
sv. Jana Nepomuckého) podstatně honosněji a
oltář Narození Páně je podle zprávy urbáře panství dačického z roku 1763 dokonce: "Nade všecky podobné v jiných kostelích na panství dačickém." Kdo byl tvůrcem oltářů, kazatelny i andělů a andílků není dnes známo.
Na hlavním oltáři, kde byla dlouho
socha Panny Marie (nyní vrácená do
poutního kostela Panny Marie Montserratské), je
obraz Neposkvrněného Početí Panny Marie od dačického malíře Ignáce Düllingera, pocházející z roku 1864. Malé barokní varhany pocházejí pravděpodobně z přelomu 17. a 18. století.