Původně románský kostelík sv. Václava na Zderaze stával na svém místě ještě dávno před vznikem Nového Města pražského. V průběhu staletí byl vojenským skladištěm i součástí trestnice. Od toku 1927 jej užívá Církev československá husitská.
Kostelík je pozůstatkem osady Zderaz, která zde stála dávno před vznikem Nového Města pražského. Dnes si jen těžko představíme, že stával stejně jako i celé jeho okolí na Břežské skále, která místy dosahovala až 20 m. Skála se táhla až k Vltavě, ale při velké pražské asanaci kolem roku 1900 byla spolu s okolní zástavbou bohužel odstraněna.
Kostel je jednolodní gotickou stavbou, která vznikla přestavbou původního románského kostelíka z let 1170 až 1181 v polovině 14. století. V kněžišti se dochovaly zbytky gotické malby z období kolem roku 1400. Roku 1626 tak zde stála rozsáhlá klášterní budova. Roku 1673 vyhledal zdi zdejšího kláštera známý malíř Karel Škréta, který zde nalezl útočiště - 2. září totiž v Rytířské ulici v Praze zabil v souboji svého soka, nizozemského malíře Ondřeje Oktavia Piera. Za zdmi kláštera se Škréta ukrýval rok a vytvořil zde známý 32dílný cyklus obrazů s tématem svatováclavské legendy. Odešel odtud nedlouho před svou smrtí.
Z poloviny 18. století pocházejí malby Josefa Hagera. Jinak je interiér kostela střídmý, dominuje mu liturgické zařízení z ruky Františka Bílka a fragmenty již zmíněných gotických fresek.
Roku 1785 byl kostel i s klášterem augustiniánů zrušen a stal se vojenským skladištěm. Škrétovy obrazy se částečně ztratily, částečně se dostaly do galerie do Drážďan. Klášter sloužil od roku 1809 jako Svatováclavská trestnice a kostel sv. Václava tedy sloužil jako kostel vězeňský. Kvůli špatným hygienickým podmínkám a vysoké úmrtnosti vězňů byla roku 1889 věznice zrušena a později zbořena. Roku 1827 byl kostel znovu vysvěcen a novogoticky přestavěn. O něco později jej pak zakoupila Církev československá husitská, která ho užívá od roku 1927.
Prohlídky kostela jsou možné každý čtvrtek v době od 14 do 17 hodin.