Kostelík je pozůstatkem osady Zderaz, která zde stála dávno před vznikem Nového Města pražského. Dnes si jen těžko představíme, že stával stejně jako i celé jeho okolí na Břežské skále, která místy dosahovala až 20 m. Skála se táhla až k Vltavě, ale při velké pražské asanaci kolem roku 1900 byla spolu s okolní zástavbou bohužel odstraněna.
Kostel je jednolodní gotickou stavbou, která vznikla přestavbou původního románského kostelíka z let 1170 až 1181 v polovině 14. století. V kněžišti se dochovaly zbytky gotické malby z období kolem roku 1400. Roku 1626 tak zde stála rozsáhlá klášterní budova. Roku 1673 vyhledal zdi zdejšího kláštera známý malíř Karel Škréta, který zde nalezl útočiště - 2. září totiž v Rytířské ulici v Praze zabil v souboji svého soka, nizozemského malíře Ondřeje Oktavia Piera. Za zdmi kláštera se Škréta ukrýval rok a vytvořil zde známý 32dílný cyklus obrazů s tématem svatováclavské legendy. Odešel odtud nedlouho před svou smrtí.
Z poloviny 18. století pocházejí malby Josefa Hagera. Jinak je interiér kostela střídmý, dominuje mu liturgické zařízení z ruky Františka Bílka a fragmenty již zmíněných gotických fresek.
Roku 1785 byl kostel i s klášterem augustiniánů zrušen a stal se vojenským skladištěm. Škrétovy obrazy se částečně ztratily, částečně se dostaly do galerie do Drážďan. Klášter sloužil od roku 1809 jako Svatováclavská trestnice a kostel sv. Václava tedy sloužil jako kostel vězeňský. Kvůli špatným hygienickým podmínkám a vysoké úmrtnosti vězňů byla roku 1889 věznice zrušena a později zbořena. Roku 1827 byl kostel znovu vysvěcen a novogoticky přestavěn. O něco později jej pak zakoupila Církev československá husitská, která ho užívá od roku 1927.
Prohlídky kostela jsou možné každý čtvrtek v době od 14 do 17 hodin.