Národní park Podyjí se vyznačuje mimořádnými scenériemi, tvořenými pestrou mozaikou skalních amfiteátrů a srázných stěn, meandry, rozsáhlými suťovými poli a těžko prostupnými stržemi, ale i nivními loukami podél Dyje a prosluněnými lesostepmi s pestrými koberci teplomilných rostlin.
Pro území je charakteristická mimořádná rozmanitost vyskytujících se živočišných a rostlinných druhů a jejich vysoká koncentrace na relativně malé ploše. Významná druhová pestrost rostlin a živočichů je podmíněná polohou chráněného území na rozhraní dvou biogeografických soustav.
V Čížově se nachází návštěvnické centrum se stálou expozicí, kde můžete vidět také kousek původní "železné opony".
Správa Národního parku Podyjí je členem Federace přírodních a národních parků Evropy EUROPARC. Národní park je držitelem Diplomu Rady Evropy pro chráněná území.