Věznice stála vždy ve stínu slavnějšího žaláře na Špilberku, ale přesto je její osud neméně zajímavý. Rozsáhlá, původně čtyřkřídlá stavba je už dlouho pohlcená okolní zástavbou, ale v době vzniku stála v místech, kde končily poslední domy na předměstí. Její historie sahá do roku 1770, kdy byla dvorským dekretem zřízena káznice pro celou Moravu. Základní kámen byl položen o dva roky později. V roce 1778 se sem ovšem místo trestanců nastěhovalo 147 sirotků z brněnské jezuitské koleje. V roce 1784 císař Josef II. sirotčinec zrušil, areál se vrátil k původně zamýšlené funkci a během následujících desetiletí sem byli přemístěni trestanci ze Špilberku. Nejtemnější období přišlo s obdobím protektorátu a poté po roce 1948, kde zde bylo internováno, a také popraveno, velké množství politických vězňů.

Bylo tu zavřeno i několik známých osobností, např. na počátku 20. století v káznici krátkou dobu strávil básník Petr Bezruč. Dalším „slavným“ vězněm byl básník a spisovatel Zdeněk Rotrekl, původně odsouzený na doživotí za údajné protistátní spiknutí. Na Cejlu pobýval v roce 1951, než byl přesunut do jiných nápravných zařízení a v roce 1962 amnestován. Věznice sloužila svému účelu do roku 1956. Po jejím zrušení areál využíval až do roku 2006 Moravský zemský archiv.

V současné době probíhají snahy o oživení celého komplexu. TIC Brno v něm pořádá tematické prohlídky a prostory bývají pronajímány k jednorázovým kulturním akcím, např. k výstavám, workshopům, divadelním představením, koncertům apod. Brněnská filmová kancelář bývalou káznici také nabízí jako zajímavou filmovou lokaci. Jednou z variant budoucího využití je zřízení tzv. kreativního centra s ateliéry, výstavními prostory, dílnami, divadelním sálem, kinem, kavárnou apod.