První zmínky o Kozím Hrádku pocházejí z roku 1377. Právě zde od léta 1413 nalezl své útočiště známý kazatel a reformátor
Mistr Jan Hus. U Kozího Hrádku i v okolí kázal, věnoval se práci na svých dílech, dokončil zde svou významnou
„Postilu“ a sepsal např.
traktát "O svatokupectví",
"O církvi" nebo spis
"O šesti bludiech". Z jihu Čech odešel 15. července 1414 na hrad Krakovec u Rakovníka a pak nastoupil v říjnu svou poslední cestu do Kostnice, kde byl za své názory 6. července 1415 upálen.
Kozí Hrádek byl
obehnán 140 cm silnou zdí, na východní straně s bránou. Měl 18 m hlubokou studnu a ve skále tesané sklepní místnosti. Vnitřní hrad měl také silnou zeď a 25 m vysoký věžovitý pánův palác. V roce 1438 vyhořel. Pravděpodobně byl
vyloupen a vypálen žoldnéři Albrechta II. Habsburského při obléhání Tábora, když vojsko mělo ležení u nedaleké obce Měšice. Celá staletí sloužil v širším okolí pouze jako zdroj stavebního kamene, postupně se zanášel zeminou a v terénu vznikla kamenitá homole zarostlá stromy a keři. Po roce 1886 se začalo s odkrýváním zbytků věže. Odkryté torzo Kozího Hrádku bylo v první polovině 20. století odborně prozkoumáno a zakonzervováno.
Po opravných pracích na zbytku zdiva i okolním terénu je dnes zřícenina v dobrém stavu a
přístupná veřejnosti. Od roku 1991 je zřícenina v majetku města Sezimovo Ústí. Kozí Hrádek je vyhledávaným turistickým cílem pro návštěvníky z okolí i ze zahraničí. Roku 2015 zde byla otevřena
komiksová naučná stezka.