Židovská synagoga ve Čkyni je jednou z mála vesnických synagog v České republice, kterou se podařilo zachránit. Kasicistní budova byla postavena v roce 1828 jako náhrada za starší synagogu, která byla v roce 1827 přeměněna na stodolu a v 70. letech 20. století zbořena. Bohoslužby se zde pravidelně konaly jen do roku 1895, občas pak do z 1. světové války. Poté byla budova upravena na truhlářskou dílnu nebo byty.

Unikátní je, že se zde zachovala tóra – většina českých synagog  o ni za války totiž přišla, tóry se rozprchly po celé Evropě. Ve Čkyni se však zachoval historický kousek z roku 1828. Našla se při opravě střechy, byla v krabici, překvapivě zachovalá. V zimní modlitebně se navíc dochovala i původní opravená schrána na tóru. Restaurátoři v modlitebně objevili navíc zbytky historické fresky, takzvaného iluzivního oltáře.

K synagoze se váže mnoho zajímavostí, například příběh modlitebního pláště, který si jeden z Židů nechal před odchodem do koncentračního tábora u sousedky, že si ho po válce vyzvedne – dnes je plášť alespoň vystaven v expozici. Ze 14 čkyňských židovských občanů, deportovaných v roce 1942 do koncentračních táborů, nepřežil žádný. Jejich jména jsou jako věčné memento napsaná na zdi hlavního sálu synagogy.

V expozici najdete ale řadu dalších předmětů, například devítiramenný svícen zapalovaný během svátku Chanuka, mezuzu, což je malá schránka obsahující svinutý pergamen s pasážemi z tóry, modlitební šál talit, pokrývku hlavy kipu, sáček na modlitební řemínky, kovovou kasičku z volyňské synagogy nebo židovské kořenky.

Synagoga slouží kromě muzea také jako kulturní centrum k pořádání koncertů, výstav, ale i tvůrčích dílen. Časem má synagoga sloužit i k modlitbě.