Text nápisů byl sestaven na základě kartoték, které vznikly krátce po válce z dochovaných
transportních listin, registračních soupisů a výpovědí přeživších. Na všech zdech interiéru jsou
napsána jména obětí holocaustu s jejich daty narození a smrti. Skutečné datum úmrtí je ve většině případů neznámé, a proto je nahrazuje datum deportace do ghett a vyhlazovacích táborů na východě, které je většinou poslední informací o obětech. Jména obětí jsou
členěna podle posledního bydliště před deportací či zatčením a v rámci tohoto členění jsou napsána abecedně podle příjmení jednotlivých rodin. V hlavní lodi jsou uvedena jména těch, kteří měli poslední bydliště před deportací
v Praze, v ostatních přilehlých prostorách jsou zapsána jména obětí z
mimopražských měst a obcí.
Po stranách
schránky na Tóru (aron ha-kodeš) jsou zaznamenána jména některých ghett a táborů, do nichž byli čeští a moravští Židé deportováni a kde byla převážná většina z nich vyhlazena.
Památník obětí holocaustu v Pinkasově synagoze je dlouhým náhrobním nápisem připomínajícím jména těch, jimž nemohl být vztyčen náhrobní kámen.
Prohlídku synagogu umocňuje
stálá expozice v prvním patře Pinkasovy synagogy. Jedná se o
kresby dětí z koncentračního tábora v Terezíně, kterých bylo mezi terezínskými vězni přes deset tisíc. Na obrázcích těchto dětí je zdokumentován život v táboře a jejich bezprostřední pocity, strach a bezmoc. Muzeum má ve své sbírce více než čtyři tisíce originálních kreseb těchto dětí, které naplňují prohlídku vlnou emocí a slouží také k zamyšlení nad zvěrstvy, které byly v minulosti páchány.
V areálu Pinkasovy synagogy se také nachází
rituální lázeň – mikve. Rituální lázně v Praze slouží svému původnímu účelu až do dnešních dnů. Prostory jsou však
otevřeny i návštěvníkům, jedná se o návštěvy s odborným průvodcem.