Malá pevnost sloužila od počátku 19. století jako věznice pro vojenské provinilce a pro odpůrce habsburské monarchie. Nejznámějším vězněm této doby byl Gavrilo Princip, který byl v pevnosti uvězněn po atentátu na následníka habsburského trůnu Františka Ferdinanda d´Este v Sarajevu v roce 1914.
Nejtragičtější kapitolou Terezína bylo období 2. světové války, kdy nacisté zřídili v červnu 1940 v Malé pevnosti policejní věznici pro odpůrce nacistického režimu. Byli zde vězněni především čeští odbojáři, jejich pomocníci a další lidé, kteří se provinili proti nacistickým nařízením. Později zde byli vězněni ze stejných důvodů občané z dalších zemí Evropy, váleční zajatci spojeneckých armád a také Židé.
Většina vězňů byla z Malé pevnosti posílána po určité době věznění do dalších věznic gestapa nebo do koncentračních táborů.
Malou pevností prošlo celkem 32 000 lidí a více než 2 500 z nich zde zahynulo většinou na následky špatných podmínek, nemocí a těžkých zranění způsobených dozorci. Téměř 300 věznů bylo popraveno, a to bez řádných soudů, jen na základě rozhodnutí gestapa, tzv. Sonderbehandlungu – zvláštního zacházení.
Několik týdnů po osvobození byl v Malé pevnosti zřízen internační tábor pro nacistické zločince a odsunované německé obyvatelstvo. Táborem prošlo v letech 1945 až 1948 celkem na 3 700 osob, z nichž 600 jich zde na následky špatných podmínek zemřelo.
V roce 1947 byla Malá pevnost prohlášena Památníkem národního utrpení, dnes známým jako Památník Terezín.
V Malé pevnosti jsou stále k vidění cely a kanceláře dozorců částečně vybavené původním nábytkem, dále muzeum a expozice představující vzpomínky a svědectví.
Expozice v Malé pevnosti
- Malá pevnost Terezín 1940 až 1945 - expozice v muzeu MP představuje nástup nacismu k moci, perzekuci občanů českých zemí, zřízení věznice v Malé pevnosti a osudy vězňů.
- Umění proti fašizmu a válce – obrazová galerie v muzeu MP
- Koncentrační tábor Litoměřice 1944 až 1945 - expozice o pobočném KT Flossenbürg v Litoměřicích zřízeného u podzemních továren Richard I a Richard II
- Internační tábor pro Němce. Malá Pevnost 1945 -1948
- Milada Horáková 1901 – 1950
- Vězeňská prádelna
- Vykonavatelé zločinů – represivní aparát SS v Terezíně a Litoměřicích 1940 – 1945
- Soukromý život dozorců za zdmi Malé pevnosti
V původním kině Malé pevnosti je možné zhlédnout film o historii Malé pevnosti 1780 -1948 a během roku také řadu krátkodobých výstav.
Součástí prohlídkové trasy je také 500 m dlouhá chodba, která je ukázkou původního opevnění. Chodby nebyly během 2. sv. války používány.
Národní hřbitov Terezín
Národní hřbitov před Malou pevností vznikal postupně v letech 1945 až 1958. Jsou zde uloženy kosterní i zpopelněné ostatky 10 000 obětí ghetta, policejní věznice gestapa Malé pevnosti a koncentračního tábora v Litoměřicích.
Pohřeb prvních exhumovaných obětí z hromadných hrobů v Malé pevnosti se konal 16. září 1945. Této pietní akce se zúčastnil například tehdejší ministr zahraničních věcí Jan Masaryk a poslankyně a bývalá vězeňkyně Milada Horáková.
Od roku 1946 zde byly postupně pochovány zpopelněné oběti tyfové epidemie, která v Terezíně zabíjela ještě na konci války a v prvních týdnech po osvobození, dále popel nalezený v jámách za krematoriem na Židovském hřbitově i ostatky mrtvých z hromadných hrobů u Lovosic a Litoměřic.
V roce 1958 sem byl pietně uložen popel nalezený náhodně při zemních pracích nedaleko bývalé podzemní továrny v Litoměřicích.
V polovině 50. let byla provedena jednotná úprava Národního hřbitova, která v zásadě zůstává stejná až dodnes. Nachází se zde 2 386 jednotlivých hrobů a další tisíce obětí jsou pohřbeny v hromadných hrobech pod pěti pylony.
Každou třetí neděli v květnu se zde koná vzpomínková akce Terezínská tryzna, za účasti přeživších, jejich příbuzných, politiků, velvyslanců zastupujících země odkud vězni pocházeli, ale i široké veřejnosti.