Největší lidový mechanický betlém světa
Krýzovy jesličky - velkolepý betlém jeho tvůrce, jindřichohradecký punčochářský mistr Tomáš Krýza, vytvářel více než šedesát let. Jesličky obsahují 1398 figurek lidí a zvířat, z nichž se 133 pohybuje. Figurky jsou vyrobeny z kašírovací hmoty a ze dřeva. Původní mechanismus, který byl zpočátku poháněn ručně, rozvádí pohyb z jediného elektromotoru. Betlém je v muzeu k vidění od roku 1935.
Od ledna 2017 prochází jesličky náročnou obnovou. Hotovo by mělo být nejspíš v roce 2020, konec generální rekonstrukce se však velmi špatně odhaduje, proto může být uvedená doba delší.
Vzpomínka na Emu Destinnovou
Změnou prošla expozice
Síň Emy Destinnové, která prezentuje umělecký odkaz a životní osudy nejslavnější české pěvkyně. Od 14. listopadu 2013 se nově můžete vydat za zvuků slavných árií na návštěvu Eminým hudebním i loveckým salonem a také nahlédnout do její ložnice. První část expozice zaznamenává její triumfální kariéru, úspěchy v Berlíně, Londýně či New Yorku. Druhá patří jejímu pobytu v jižních Čechách, kde je představena jako zámecká paní, hospodářka, rybářka a všestranná umělkyně.
Klasicistní lékárna
Zajímavou je také expozice
Lékárna u Panny Marie Pomocné, která vznikla z původního zařízení historické jindřichohradecké lékárny v domě čp. 164/I na hlavním náměstí, která zde existovala již v 17. století. Souprava unikátního klasicistního lékárenského nábytku z přelomu 18. a 19. století vyniká bohatou výzdobou, jednotlivé zásuvky jsou opatřeny nejen latinskými nápisy, ale zejména malbami krajinných vedut. Vystavené lékárenské nádobí z původního interiéru lékárny doplňují starší exponáty z muzejních sbírek a kopie historických předmětů.
Letecká bitva v Protektorátu
Letecká bitva nad Jindřichohradeckem 24. 8. 1944 - expozice představuje jedno z největších leteckých střetnutí 24. 8. 1944 nad Protektorátem Čechy a Morava, kdy v jejím průběhu došlo nad územím našeho regionu a v jeho okolí k sestřelení 6 amerických čtyřmotorových bombardérů B 24 Liberator ze sestavy 15. letecké armády a nejméně čtrnácti stíhaček typu Messerschmitt Bf 109 a Focke Wulf Fw 190 německé Luftwaffe.
Jihočeská Lada
Expozice prezentuje kompletní výrobu šicích strojů v akciové továrně na šicí stroje Soběslav, pozdějšího známého jihočeského podniku LADA, který měl svůj pobočný závod také v Jindřichově Hradci. Šicí stroje pro domácnost i řemeslníky doplňují ukázky dobových oděvů.
Další expozice muzea:
- Cechy a řemesla: Expozice představuje cechovní truhlice, konvice, ferule či vývěsní štíty a výrobky, které dokládají, že Jindřichův Hradec patřil v 16. – 17. století k největším českým městům s rozvinutým obchodem i řemesly. Nejvýznamnějším cechem byli soukeníci, k bohatým cechům náleželi koželuzi, řezníci, kováři a zámečníci, mlynáři, pekaři a perníkáři, důležitou roli sehrávali zedníci a kameníci, tesaři a truhláři, hrnčíři a kamnáři i další řemeslníci.
- Měšťanská a lidová kultura: Expozice představuje reprezentativní salón jindřichohradeckého měšťana v polovině 19. století s dobovým nábytkem, sklem, porcelánem, oděvy, oděvními doplňky a dalšími exponáty nezbytnými pro život tehdejší vyšší společnosti. Oproti bohatému interiéru měšťanskému je v expozici lidové kultury prezentována selská sednice z Blat z poloviny 19. století.
- Malované ostrostřelecké terče: Malované terče jindřichohradeckých ostrostřelců z 19. století, na nichž je zobrazeny výjevy z historie města, významných událostí v Evropě i z historie. Kolekci terčů doplňuje ukázka terčových zbraní ze sbírek muzea.ostrostřeleckého sboru.
- Landfrasova tiskárna: Expozice představuje ojedinělou kolekci památek na nejvýznamnější mimopražskou tiskárnu 19. století, která působila v Jindřichově Hradci od roku 1797 až do poloviny 20. století.
- Holub ludens: Výtvarné dílo výtvarníka a literáta Vladimíra Holuba (1912 – 1995) tvoří nepřehlédnutelný celek v kontextu celoevropského umění. Autorova ucelená estetika se projevila především v „Domečku“, kde ho navštěvovali přátelé z uměleckých kruhů z Čech i ze zahraničí
- Obrazová galerie: Expozice představuje převážně obrazy a kresby, které jsou instalovány v chronologickém sledu od renesance až po nejmodernější umění a místy doplněny několika sochařskými pracemi.
- Gotické sochařství: Těžiště této expozice spočívá ve kvalitní kolekci vrcholně a pozdně gotické dřevořezby.
Od 80. let minulého století muzeum spravuje
rozsáhlý komplex kostela sv. Jana Křtitele a bývalého minoritského kláštera ve Štítného ulici, který prošel náročnou rekonstrukcí. V současné době jsou v areálu umístěny pracovny muzea, knihovna s badatelnou, konferenční sál, výstavní prostory a expozice.
Muzeum Jindřichohradecka

Instituce byla oceněna v
Národní soutěži muzeí Gloria musaealis:
2012 – III. místo v kategorii Muzejní počin roku 2012 – za projekt „Revitalizace Muzea Jindřichohradecka“.