Gotický kostel sv. Jana Křtitele s areálem kláštera minoritů je jednou z nejvýznamnějších památek gotické architektury. Kostel vznikal postupně od začátku 13. století, v následujícím století byla postavena kaple sv. Mikuláše, jež bývá někdy označována za perlu vrcholné gotiky v jižních Čechách. Kostel pravděpodobně založil řád německých rytířů. Kromě nich zde působil ještě jeden rytířský řád, a to templáři. Vedle Prahy je Jindřichův Hradec jedním z mála českých měst, v němž je možné působení templářů skutečně potvrdit. Kostel sv. Jana Křtitele se stal jejich duchovní základnou a zdejší podivné nástěnné malby jsou připisovány právě tomuto řádu. Na rámečkách lemující vnitřní stranu okenních výklenků kostela lze při bližším prozkoumání spatřit prapodivná monstra - skřety s ohromnou hlavou vyrůstající přímo z nohou, ženu s prsy na zádech a další podivné "mutace" lidských a zvířecích těl.
Pro někoho prý představují malby zdeformovaných lidských těl a mutantů
potrestané hříšníky. Jiní vidí v obludných bytostech
démony. Pokud byli autoři maleb templáři, jejich význam by mohl být spíše jen symbolický než magický. Mohlo by jít o
vyobrazení duchovní cesty, kdy při nesprávném duchovním způsobu života údajně dochází k jakési deformaci duše. Většina freskové výzdoby celého komplexu spadá do období 14. - 15. století. Obrazce bylo by možné také spojit s
pronásledováním kacířů, které zde probíhalo právě ve 14. století. Mezi nejzajímavější hypotézy patří to, že geometrické vzorce na barevných pásech představují
vzorce DNA. Má tomu údajně nasvědčovat
novorozenec na jednom konci pásu, který
se postupně přeměňuje na dospělého člověka, ten je ovšem již zdeformovaný. Záhadné znaky na jednotlivých obdélnících mezi dítětem a dospělým člověkem by prý mohly být zakódované genetické chyby vedoucí ke vzniku vyobrazeného mutanta. K zamyšlení však zůstává, že ve 14. století se o stavbě DNA ještě nevědělo...
Jednotlivé malby zrůd se pravidelně střídají s obdélníky tvořenými nejrůznějšími
geometrickými obrazci, jako by tu byla zobrazena nějaká
neznámá karetní hra. Barevné pásy jsou rozděleny na pravidelné obdélníky, každý se svým vlastním výjevem nebo geometrickým vzorcem. Účel těchto nástěnných maleb je neznámý. Obrazy však nejsou vytvořeny náhodně a
tají v sobě sdělení dostupné pouze tomu, kdo zná šifrovací klíč.
Mezi další zajímavosti kostela patří náhrobek Magdaleny z Gleichen, významná ukázka kamenické práce z konce 15. století, barokní mobiliář a hlavní oltář s obrazem Křest Kristův od K. Schodera ze 17. století. V barokní kapli Nanebevzetí Panny Marie je
stálá expozice církevního umění a v její sakristii je umístěn
Strom života - unikátní vyřezávaná památka původně pocházející z paulánského kostela v Klášteře u Nové Bystřice. Ve velkém výstavním sále se konají výstavy.
Kostel spravuje
Muzeum Jindřichohradecka.