Při novostavbě
gotického kostela sv. Václava na počátku 15. století byla
nevýhodná poloha presbyteria ve svahu (úroveň podlahy presbyteria převyšuje porostlý terén až o 3 metry)
vyrovnána založením několika krypt pod dlažbou kněžiště. Nejvýznamnější z těchto krypt je tzv. Lobkovická hrobka, zde jsou uloženy ostatky Markéty Františky, rozené z Dietrichsteina (1600 – 1617) a jejího manžela Václava Viléma Popela z Lobkovic (1592 – 1621). Kostnice je umístěna v Lobkovické kryptě.
Kostel se
čtyřpatrovou renesanční věží je nejvýznamnější církevní stavbou ve městě. V nedávné době zde byla zrestaurována manýristická štuková výzdoba klenby lodi a presbytáře. Hlavní oltář zdobí
monumentální obraz Zavraždění sv. Václava. V oltáři severní kaple Panny Marie Loretánské je umístěna soška Madony s dítětem z cedrového dřeva.
Návštěvníci si mohou v prostoru pod věží prohlédnout vedle
barokního modelu města i několik vedut, na kterých se zachoval nejen pohled na město, ale i proměny kostela sv. Václava. Do vlastní kostnice se schází
strmým krátkým schodištěm. Vstupní prostor je vymalován
třemi nástěnnými malbami od neznámého autora, který se snažil svými olejomalbami vystihnou toto místo. Úprava krypty poukazuje na skutečnost, že měla zřejmě sloužit jako
rodinná krypta Dietrichsteinů. Roku 1656 byl však vysvěcen
kostel sv. Anny a Dietrichsteinům začal jako hrobní sloužit právě tento nový kostel. Je otázkou, zda krypta dříve sloužila jako místo posledního odpočinku i pro dřívější vlastníky
mikulovského panství –
Liechtensteiny. U stěny proti schodišti je asi
tři metry vysoká stěna z vyrovnaných kostí. Kosti sem byly pravděpodobně umístěny při likvidaci hřbitova koncem 18. století, v souvislosti s nařízením Josefa II. o likvidaci hřbitovů kolem kostelů uprostřed měst.