Kostel v Malíně byl postaven na vyvýšeném místě v západní části středověkého hradiště Malín u Kutné Hory. Původní stavba v otonském stylu pochází patrně již z 2.poloviny 10.století.

Kostel byl přestavěn goticky, renovován roku 1600. Za Josefa II. byl uzavřen a posléze využíván jako skladiště.

K obnově došlo roku 1922 a nově je zasvěcen apoštolům Janu a Pavlu. Z původního kostela se dochovala loď a okrouhlá apsida na východní straně. V přízemí je lomený neprofilovaný portál a ve 2. patře se dochovala lomená okna s se šikmým odstupňovaným ostěním.

Dodatečně postavená hranolová věž je nesymetricky umístěná a má dvě patra. Zesilují ji nárožní opěrné pilíře. Loď je přístupná plochostropým podvěžím a osvětlují ji dva páry oken. Loď je zastřešena plochým stropem s fabionem. Západní kruchta je dřevěná s gotisujícím poprsníkem a do věže se z ní otvírá neprofilovaná půlkruhová arkáda, přístupná po dřevěných schodech. Půlkruhový vítězný oblouk se otvírá do románské apsidy, která je sklenutá konchou. Osvětluje jí románské okénko a dvě gotická lomená boční okna.

V roce 2008 byla obnovena fasáda kostela. Současným vlastníkem kostela je Církev Československá husitská.