Dlouhou dobu byl kostel pouze kaplí, bez statutu filiálního kostela. V letech 1904 – 1905 byl přestavěn v
neobarokním slohu podle návrhu architekta Josefa Fanty a 8. října 1905 slavnostně konsekrován (vysvěcen). Byl nově vybaven, pořízeny byly též nové varhany. Za starého kostela zůstal kůr, vedlejší oltář Panny Marie a zvony, který byly zrekvírovány za války. Hlavní oltář s obrazem sv. Jana Nepomuckého a oltář sv. Václava jsou nové. Jakub Jan Ryba v městské kapli také hrával, ale původní varhany se zde nezachovaly.
V současné době je městský kostel pro svoji výhodnější polohu využíván k bohoslužbám častěji než kostel farní. Hlavní svátky a nedělní bohoslužby se však konají vždy ve
Starém Rožmitále.