Vstupní budova přináší
expozici historie krytu z 2. světové války (připomíná i hlavní události a milníky 2. světové války a původní účel podzemního objektu) a dále historii území botanické zahrady, vzpomínku na Kodetovu zahradu a zakladatele BZ pana Miroslava Vaňouska. Budova – původně domek zahradníka – byla maskováním vstupu do samotného podzemí. To
vybudovala německá armáda (organizace TODT) v prvních letech války. Po válce zde působily bezpečnostní složky státu a v letech 1954-1958 sloužil domek i chodby protichemické obraně v rámci civilní obrany. Poté byly prostory zakonzervovány a opuštěny. Posléze sloužila největší místnost jako
zimoviště želv a kaktusů.
Následují samotné
4 komplexy expozic zvířat. První tři celky ukazují život bez světla. Zahajovací expozice přinese naše
jeskyně včetně jejich osazenstva v pravěku; další potom
mediteránní hrobky, studny, sklepy a kanály. Její součástí je i laboratoř v rámci aktivit Amphibian Ark pro záchranný chov ropušky baleárské. Třetí celek představí
život tropických jeskyní Karibiku. Můžeme se v podzemí těšit na kaloně egyptské i vampýry, čolky, žáby, potkany, plchy, hroznýšovce kubánské, bezobratlé a další představitele temných prostor. Závěrečná část se zabývá
vývojem života od prahor po prvohory. Živočichy představí posel pravěku – loděnka hlubinná (nautilus), na její příchod se teprve pracovníci
zoo připravují. Přes sklepní expozici ropuch zelených přejdou návštěvníci do expozic vzácné tuzemské teplomilné flóry a fauny, s prakticky kompletními druhy obojživelníků a plazů tohoto regionu.