Založení a zasvěcení původně jistě dřevěného kostela spadá do období
před 1. polovinou 13. století. Je pravděpodobně
spjato s německými rytíři a kolonisty přišlými z okolí Bamberka, kde žil a je
pochován biskup Otto, patron deštenského kostela. Tomuto svatému je v Království českém zasvěcen pouze kostel v
Deštné.
V roce 1380 byl přistavěn
gotický presbytář a o cca 300 let později také
raně barokní věž. Hlavní loď je převážně barokní, vybudovaná kolem roku 1733 a ze stejného období pochází i nejstarší části současného vybavení interiéru –
oltáře zdobené malbami místního děkana Bedřicha Kamarýta. Ten je také autorem nástropních maleb v přilehlé budově fary.
Na věži jsou odedávna zavěšeny
zvony. Byly ničeny požáry a válečnými konfiskacemi a znovu pořizovány. Od roku 1948 zde zvoní zvon
Václav (591 kg) a
Marie (409 kg). Na malé věžičce presbytáře je zvonek –
umíráček. Od roku 1990 je těžká práce zvoníkova nahrazena elektrickým mechanismem, s jehož pomocí oba zvony vyzvánějí. Už za starých časů byly
na věži hodiny, které při častých požárech také trpěly. Předposlední stoletý stroj mistra Rezka z Jindřichova Hradce byl v roce 1986 nahrazen novým, také na elektrický pohon.
Roku 1733 nechal
hrabě Windischgrätz, majitel panství,
přestavět loď barokně a rozšířit ze 7 na 11 m, délka 27 m, výška přes 15 m. V kostele se nalézá i kamenná
křtitelnice ze 17. století, která je před kazatelnou u
oltáře sv. Jana Křtitele. Krásná barokní kazatelna je z roku 1675, kde jsou obrazy čtyř evangelistů – snad dílo děkana Bedřicha Kamarýta. Na stříšce kazatelny je
socha sv. Ottona, biskupa. Nad hlavním oltářem uvidíte sochu sv. Michaela, po stranách sochy evangelistů. V hlavní lodi jsou
tři boční oltáře - sv. Jana Křtitele, Panny Marie a sv. Anny. Při významných příležitostech zdobí interiér kostela
milostná soška Deštenské madony z počátku 15. století.