Kostel sv. Jana Nepomuckého je jedinou chrámovou barokní novostavbou v Kutné Hoře. Je zároveň jediným kutnohorským kostelem, který byl postaven a vybaven v jediném stylu (je slohově intaktní) - pozdním baroku s prvky rokoka a barokního klasicismu. Sloužil a byl udržován jako filiální kostel církve římskokatolické. Po dokončení kutnohorské reálky (na nedalekém Komenského náměstí v roce 1857) se stal kostelem studentským. V roce 1951 byla liturgická funkce kostela náhle ukončena a církevní správa byla donucena kostel bezplatně pronajmout městu. Vybavení interiéru bylo narychlo zčásti uloženo v církevních depozitářích nebo převezeno do jiných kostelů v okolí. Kostel pak sloužil jako sklad civilní obrany, požární zbrojnice a k ukládání stavebního odpadu. Součásti vybavení, které nebylo možné přemístit, byly pak vandalsky ničeny a částečně i rozkradeny.
Náročná rekonstrukce kostela probíhala od r. 1980, bylo provedeno statické zajištění kleneb i obvodových zdí, rekonstrukce krovu a střechy, obnova hlavního průčelí včetně restaurátorských prací a obnova fasád. Interiér byl nově restaurován v letech 1997 - 2000 nákladem téměř 13 milionů korun. Kostel nadále zůstává v majetku církve římskokatolické, dne 2. června 2000 byl nově vysvěcen a vslouží k liturgickým účelům.
V této nenápadné církevní památce se nachází překrásná díla malíře F. X. Palka (autor malířské výzdoby kostela sv. Mikuláše na Malé Straně) a sochaře F. I. Platzera (jeden z nejvýznamnějších sochařů období baroka v Praze). Přes svůj nenápadný zevnějšek vás kostel překvapí příjemným tlumeným světlem a přívětivou atmosférou.