Původně se řeka jmenovala
Včelnice. Nežárka,
podle jindřichohradeckého předměstí, se jí začalo říkat kolem roku
1500. Teče nejprve jihozápadním směrem. Protéká historickým
Jindřichovým Hradcem s cennými církevními památkami, nevšední městskou architekturou a
rozlehlým areálem zámku. Charakteristickou ozdobou města je
rybník Vajgar vybudovaný na Hamerském potoce, levém přítoku
Nežárky.
Tok řeky pokračuje z Jindřichova Hradce do městečka
Stráž nad Nežárkou s městskou památkovou zónou a
zámečkem, jehož majitelkou byla v letech 1914 až 1930 operní pěvkyně
Ema Destinnová. Od Stráže mění Nežárka svůj směr k severozápadu a vstupuje do chráněné krajinné oblasti. Severozápadní směr si udržuje až k ústí ve
Veselí nad Lužnicí, kde nad posledním jezem odbočuje z jejího toku vlevo propojovací kanál
Dekárka (Degárka), který odvádí část vody do Lužnice. Ústí zprava do Lužnice ve
Veselí nad Lužnicí, ve výšce 408 m n. m. Vedle
Hamerského potoka přijímá Nežárka rovněž z levé strany ještě umělé koryto
Nové řeky.