Bohužel dřevěná stavba spolu s 18 domy a novou školou zmizela v plamenech velkého požáru, který na Kvildě propukl roku 1889. O 3 roky později byla na místě původního kostela zahájena stavba nového, tentokrát kamenného podle vzoru novogotického kostela v Knížecích Pláních. Nový kostel sv. Štěpána byl vysvěcen roku 1894 a útočiště v něm nacházeli nejen obyvatelé Kvildy, ale i okolních šumavských vesnic.

Roku 2002 byl do věže kostela zavěšen další zvon k poctě Panny Marie Pomocnice křesťanů. Celých 174 kg vážící obr se rozeznívá třikrát denně.

Dnes slouží kostel nejen pro účely bohoslužeb, ale i jako koncertní síň duchovní hudby.

Již kolem původního kostela byl založen hřbitov. V roce 1978 byla však kovové a litinové kříže zpeněženy ve sběrných surovinách a kamenné náhrobky skončily v hraničním pásmu. Na jaře roku 2004 byly náhrobky symbolicky vráceny a nyní čekají na vytvoření pietního místa.