Chlapec z hornického městečka a dívka, jejíž původ je zahalen tajemstvím, jsou zataženi do honby za pokladem ukrytým v bájném létajícím městě Laputa. Během krkolomných dobrodružství, razantních honiček i dechberoucích odhalení musejí čelit nejen hamižným vzdušným pirátům, ale také armádě a tajným agentům.
Celosvětově uznávaný režisér a scenárista Hajao Mijazaki do snímku promítl svou fascinaci létáním, vášeň pro klasickou evropskou dobrodružnou prózu a pro fascinující epochu konce 19. století, která s sebou přinesla rozmach letectví a vzducholodí. Díky těmto vlivům se Laputa: Nebeský zámek vyznačuje výrazně evropským, až verneovským nádechem, ale současně si uchovává kvality charakteristické pro produkci Studia Ghibli i japonskou animaci obecně.