Muzeum církevního umění plzeňské diecéze je koncipováno jako soubor křesťanských reálií, který seznamuje návštěvníka se světem křesťanů. K tomuto cíli používá výtvarných děl historických epoch, bohoslužebných náčiní, rouch a textů, které uvádějí tyto předměty do souvislostí s křesťanským životem a vysvětlují jejich významy.
Expozice je rozdělena na dvě části. V přízemních ambitech a kapitulní síni jsou instalována výtvarná díla, představující historické a svaté osoby a některé děje ze života svatých a dějin spásy člověka. V patře jsou vystaveny předměty sloužící kultu s vysvětlením jejich významu pro křesťanský život. Představeny jsou i reálie každodenního křesťanského života a liturgický rok. Muzeum nabízí i mobiliář původní historické klášterní knihovny.
Propojením klasické a vzdělávací expozice se muzeum stává jedinečným na území České republiky.