Původně gotický farní kostel byl založen oseckým cisterciáckým klášterem v roce 1352 na terase nad údolím v dolní části dnes částečně zaniklé vsi Svatobor
ve Vojenském újezdu Hradiště. Kostel však během staletí patrně zchátral, proto bylo v prvních desetiletích 18. století přikročeno k výstavbě nového kostela v barokním slohu.
Současný kostel Nanebevzetí Panny Marie, jehož přestavba proběhla v letech 1729 až 1732, tak stojí na základech původní stavby. Přestavět jej nechali Černínové, a to podle projektu předního českého barokního
architekta Františka Maximiliána Kaňky. Údajně se jedná o jeho největší realizovaný církevní projekt. Ke kostelu přiléhala dodnes patrná fara, márnice a hřbitov.
V souvislosti se začleněním Svatoboru do Vojenského újezdu Hradiště
v roce 1953 byl kostel církvi zabaven. Sloužil vojenským statkům jako
sklad řepky. V roce 1966 byl zapálen a po tomto požáru opuštěn.
Cenné barokní zařízení bylo přeneseno do kostelů v
Chlumu Svaté Maří a Karlových Varech-Rybářích, varhany údajně do
pražského Klementina. Barokní socha sv. Jana Nepomuckého od fary přenesena do Andělské Hory.
V roce 2012 byla budova
provizorně zastřešena a od roku 2015 je areál oplocen a
není volně přístupný.