První písemná zmínka o lounském farním kostele, tehdy ještě zasvěcnému sv. Kříži, pochází z roku 1332. Byl vystavěn pravděpodobně v románském nebo ranně gotickém slohu. Ve 14. století byl kostel poškozen požárem, a tak roku 1347 postavil Pešek Wandy novou věž. Současně s přestavbou kostela došlo také ke změně patrocinia a kostel byl zasvěcen sv. Mikuláši.
Chrám byl téměř úplně zničen velkým požárem města roku 1517. Po požáru nechalo město Louny na místě původního kostela postavit kostel nový. Stavitelé chrámu Benedikt Rejt z Pístova a pravděpodobně i Pavel z Pardubic z původního kostela zachovali pouze zdivo věže a v pozdně gotickém slohu zbudovali trojlodní stavbu s krásnou žebrovou klenbou na pilířích.
Charakteristický rys lounského chrámu tvoří š
tíhlé stanové střechy kryté břidlicí. Jsou dílem lounského tesaře mistra Eliáše. Pýchou kostela je pozdně gotický vchod na jižní straně se
síťovou klenbou a
portálem zdobeným renesančními ornamenty kolem dveří. Perlou chrámového interiéru se stala
kamenná kazatelna z roku 1540 zdobená trojlístky a liliemi. Vchod na ni zkrášlují květy a dva andílci v renesančním slohu. Řezba hlavního dřevěného oltáře od sochaře Jeronýma Kohla, je vyvedena do nejmenších detailů, obsahuje desítky postav z biblických vyprávění, anděly a barokní dekor. Pod vedením architekta
Josefa Mockera a později Kamila Hilberta v letech 1885 – 1902 byla provedena celková oprava kostela.
V současné době je možno
vystoupit na ochoz věže, ze kterého je krásný výhled na celé město
Louny a okolí s
Českým středohořím. Věž chrámu je 60 m vysoká, stavebním materiálem byl pískovec. Výstup na věž umožňuje točité schodiště se 180 schody.