Kostel byl v roce 1329 předán do správy křížovníků s červenou hvězdou. Bohužel o sto let později se kostel uvádí již jako zpustlý, patrně důsledkem husitských válek. V následujících letech probíhaly opravy i kvůli dalším pohromám – kostel dvakrát vyhořel a roku 1618 byl vyrabován protestanty.
Obnova přišla s polovinou 17. století, kdy byl kostel opraven a nově zařízen. Dalších úprav se stavba dočkala na poč. 20. století, kdy byly realizovány návrhy Josefa Mockera. Kostel tak dostal novou střechu s gotizujícími vikýři a v novogotickém stylu byla upravena i věž. V dalších desetiletích proběhlo ještě několik oprav, z nichž jedna byla uskutečněna z důvodu poškození stavby během náletu v únoru 1945.