Výstava Pod vodou i nad vodou představuje typické známé i méně známé zástupce flóry a fauny jak v samotné Vltavě, tak v jejím okolí, vymodelovaném v geologické minulosti právě činností řeky. Ukazuje ale i negativní změny ve složení fauny, vyvolané stavbou přehrad vltavské kaskády a dalších vodních děl, která zejména rybám znemožnila migraci a vedla k vymizení řady druhů z Vltavy. Samozřejmě ani nepůvodní, záměrně do Povltaví introdukované či spontánně se rozšířivší druhy živočichů nebudou chybět.
Představena budou i pozitiva, jako díky většinou nezamrzající hladině řeky v Praze vznik nových zimovišť vodních ptáků.
Návštěvníci budou seznámeni i s méně známým pojmem ekologie krajiny – říčním fenoménem – a s jeho projevy ve formě zvýšené pestrosti a bohatství přírody jak na úrovni druhové, tak celých rostlinných společenstev a formací a na ně vázaných živočichů.