Kostel v Záboří nad Labem měl být podle pozdějších a nijak nepotvrzených zpráv postaven již kolem roku 1080 za vlády knížete Vratislava. Před rokem 1200 k jižní stěně přistavěna rozměrná otevřená předsíň.

Po požáru v 17. století byla kaple přestavěna. Z vlastní kaple byl zřízen presbytář, na místě původní apsidy postavena sakristie a uzavřením předsíně vytvořena loď, propojená s "novým" presbytářem zbouráním celé jeho jižní stěny (nahrazena trojitou arkádou). Horní patro bylo přitom sníženo ubouráním obvodových zdí. Původně plochostropá předsíň byla při přestavbě na loď zaklenuta. Přízemí presbytáře (původní kaple) je zaklenuto na čtyřech sloupech s krychlovými hlavicemi, vytvářejících galerii okolo čtvercového ústředního prostoru, původně otevřeného do patra. To je přístupné schodištěm v síle zdi za dnešním hlavním oltářem. Zachovalo se v něm původní zábradlí kolem průhledu do přízemí a čtyři sloupy, nesoucí věž.

Zařízení kostela je nejednotné, hlavní oltář je pseudorománský a pochází z 19. století.

Od jeho počátku jedná o výjimečnou stavbu, vymykající se architektuře domácího prostředí, a dnes unikátní památku národního významu.