Původní hřbitov se zřejmě nacházel u
synagogy. Protože byl malý, koupili v roce 1567 Židé pozemek pro hřbitov jižně od centra města. Na
starém židovském hřbitově je pochováno sedm lipenských rabínů včetně Barucha Teomina Fränkela. Právě jeho tumba z roku 1828 bývala a je doposud hojně navštěvována zbožnými chasidskými židy.
V roce
1942 byl hřbitov
zničen německým vojskem. Po válce byl upraven na park s dětským a volejbalovým hřištěm. Po roce 1989 se za podpory organizace Agudath Israel Of America a potomků rabína Fränkela z Velké Británie
hřbitov dočkal úplné obnovy. Ohradní zeď z lomového kamene byla obnovena přibližně v původní poloze. Hlavní bránu, spojovací branku k novému hřbitovu a novou branku poblíž hrobu rabína Fränkela zdobí
kovářské práce uměleckého kováře Jiřího Jurdy. V původní poloze a ve stejné podobě (na základě dochovaných fotografií) byla osazena
pískovcová replika tumby rabína Fränkela. V původním smyslu byly rozmístěny všechny dochované staré náhrobky.
Roku 1883 židovská obec koupila
pozemek v sousedství starého hřbitova, kde bylo zřízeno
nové pohřebiště. Od hlavní brány vedla alejí stromů cesta k průchozí obřadní síni a dále stromořadím k východní zdi. Hlavní prvek aleje tvořily
tři dvojice převislých buků, které
navozovaly dojem chrámu. Řady hrobů byly postupně zakládány od nejzazší východní zdi směrem ke vstupu.
Poslední pohřeb se zde uskutečnil v roce 1942. Za války byla nacisty stržena obřadní síň. V 80. letech 20. století tehdejší Židovská náboženská obec postoupila hřbitov
městu Lipníku n. B., náhrobky z kvalitního kamene byly prodány kamenické firmě a zbylé shrnuty na hromady.
Starý židovský hřbitov je přístupný pro veřejnost od 1. března – 31. října, nový židovský hřbitov je přístupný pouze s průvodcem.