Smyslem stavby, kterou financoval zdejší cisterciácký klášter, bylo především oslavit Jana Nepomuckého, jako mocného patrona a světce, jehož blahořečení a svatořečení spadá právě do doby založení kostela. Samotný kostel je protkán symbolikou číslovky pět, která vychází z legendy o Janu Nepomuckém. Tak např. půdorys kostela je ve tvaru pěticípé hvězdy, kostel má pět východů, pět oltářních výklenků, dvakrát pět kaplí kolem centrálního prostoru, na hlavním oltáři je pět hvězd a pět andělů. Jedná se o symboliku pěti ran Kristových, ale také pěti písmen v latinském slově "tacui" (mlčel jsem) a především pěti hvězd ve svatozáři mučedníka, které se podle stejné legendy objevily ve Vltavě.
Postranní oltáře jsou zasvěceny čtyřem evangelistům, Janovi s orlem, Markovi se lvem, Lukášovi s býkem a Matoušovi s knihou. Kostel je obklopen hřbitovem a ambity ve tvaru deseticípé hvězdy.
Pokud máte zájem o prohlídku tzv. Dolního hřbitova, je nutné prosím předem kontaktovat správu objektu.
Rekonstrukce areálu 2018 – 2021
Obnova národní kulturní památky zapsané na Seznam UNESCO probíhá od roku 2018. Restaurátoři se zaměřují na obnovu exteriéru (fasáda, okna) i na interiéru památky (omítky, štuková výzdoba, mobiliář…).
Součástí projektu je i obnova poutní louky přiléhající ke kostelu. Místo se tak začíná měnit v poutní louku, čímž se navrací ke svému původnímu účelu. Práce by měly být hotové v průběhu roku 2021. V současné době se restaurátoři zaměřují na práce v interiéru kostela, včetně podlahy.