Smyslem stavby, kterou financoval zdejší cisterciácký klášter, bylo především oslavit Jana Nepomuckého, jako mocného patrona a světce, jehož blahořečení a svatořečení spadá právě do doby založení kostela. Samotný kostel je protkán symbolikou číslovky pět, která vychází z legendy o Janu Nepomuckém. Tak např. půdorys kostela je ve tvaru pěticípé hvězdy, kostel má pět východů, pět oltářních výklenků, dvakrát pět kaplí kolem centrálního prostoru, na hlavním oltáři je pět hvězd a pět andělů. Jedná se o symboliku pěti ran Kristových, ale také pěti písmen v latinském slově "tacui" (mlčel jsem) a především pěti hvězd ve svatozáři mučedníka, které se podle stejné legendy objevily ve Vltavě.
Postranní oltáře jsou zasvěceny čtyřem evangelistům, Janovi s orlem, Markovi se lvem, Lukášovi s býkem a Matoušovi s knihou. Kostel je obklopen hřbitovem a ambity ve tvaru deseticípé hvězdy. Pokud máte zájem o prohlídku tzv. Dolního hřbitova, je nutné prosím předem kontaktovat správu objektu.
Od roku 2018 probíhá postupná rekonstrukce poutního místa, obnovit se podařilo exteriér i interiér kostela. Největší proměnou prošla velká okna v druhém patře kostela, celá podlaha a také hlavní oltář. Místo bývalého hřbitova mezi kostelem a ambitem dostalo podobu poutní louky. Obnoveny byly také přístupové trasy ke kostelu a fasáda.
Rekonstrukce areálu 2022
Obnova národní kulturní památky zapsané na Seznam UNESCO probíhá od roku 2018. Farnost v současné době připravuje podklady pro podání další žádosti v rámci vyhlášené výzvy Integrovaného regionálního programu pro plánovací období 2018 – 2022. V případě úspěchu bude obnova poutního areálu pokračovat restaurováním obvodového ambitu, jejíž součástí bude kromě samotné obnovy omítek i restaurátorská rekonstrukce povrchové štukové výzdoby klenby v interiéru a doplnění sochařské výzdoby.