Smyslem stavby, kterou financoval zdejší cisterciácký klášter, bylo především oslavit Jana Nepomuckého, jako mocného patrona a světce, jehož blahořečení a svatořečení spadá právě do doby založení kostela. Samotný kostel je protkán symbolikou číslovky pět, která vychází z legendy o Janu Nepomuckém. Tak např. půdorys kostela je ve tvaru pěticípé hvězdy, kostel má pět východů, pět oltářních výklenků, dvakrát pět kaplí kolem centrálního prostoru, na hlavním oltáři je pět hvězd a pět andělů. Jedná se o symboliku pěti ran Kristových, ale také pěti písmen v latinském slově "tacui" (mlčel jsem) a především pěti hvězd ve svatozáři mučedníka, které se podle stejné legendy objevily ve Vltavě.
Postranní oltáře jsou zasvěceny čtyřem evangelistům, Janovi s orlem, Markovi se lvem, Lukášovi s býkem a Matoušovi s knihou. Kostel je obklopen hřbitovem a ambity ve tvaru deseticípé hvězdy.
Pokud máte zájem o prohlídku tzv. Dolního hřbitova, je nutné prosím předem kontaktovat správu objektu.