Empírový kostel sv. Františka Serafínského z let 1827–1829 nechal zbudovat hrabě
Otto z Herbersteinu v blízkosti loretánské kaple.
Na jeho místě se původně nacházela raně barokní kaple, kterou společně s jeníkovskou loretou postavil
generál Goltz v letech 1650–1653. Místní slavné soše zvané
Madona a Santa Casa je dokonce připisováno zázračné zachránění hraběcího syna. Nad bránou na ohradní zdi kostela je umístěno sousoší s tématem
Svaté chýše. Jednou z unikátních zajímavostí, kterou jeníkovský kostel disponuje, jsou
kosterní pozůstatky velryby grónské, jež si generál Goltz přivezl jako válečnou kořist z přístavu Stralsund v Severním moři (jedná se o nejstarší dochované pozůstatky velkého kytovce na našem území).
Kostel byl na konci 20. století ve špatném stavebně-technickém stavu. Potřeboval celkovou údržbu střechy a fasád. Za působení stávajícího děkana farnosti
Františka Skřivánka se podařilo získat dotace od Ministerstva kultury, realizovat většinu nezbytných oprav a navrátit tak kostelu jeho původní reprezentativní vzhled.
V roce 2008, při otevření krypty v
Loretě, byly archeologicky potvrzeny
ostatky pohřbeného generála Martina Maxmiliána Goltze a jeho choti Marie Magdalény včetně jejich zachovaného pohřebního oděvu.
Celková obnova pláště kostela vyvrcholila v roce 2015. Při opravě západního průčelí kostela byly především zachráněny a na místě restaurovány i značně poškozené kamenné sochy
Sv. Františka Xaverského a sv. Aloise. Kostel sv. Františka Serafínského tak opět vytváří reprezentativní podobu architektonicky slohově rozmanitého poutního areálu v
Golčově Jeníkově.