Katovské rodiny zde pobývaly až do roku 1765, kdy Marie Terezie odebrala městům popravčí právo. Od té doby se katovna využívala již jen jako pohodnice, kde se odstraňovala uhynulá zvířata.

Od 60. let 20. století je brandýská katovna ve vlastnictví Oblastní muzeum Praha-východ, které ji zachránilo před zkázou.

V 80. letech byl pak objekt pro veřejnost uzavřen a sloužil pouze jako depozitář. V letech 2000 a 2001 proběhla další nákladná rekonstrukce a v roce 2008 byly i nejstarší místnosti zpřístupněny veřejnosti. Expozice je z části věnována dějinám kriminality ve městech v 16. až 18. století, na což navazuje úsek pojednávající o historii hrdelního práva.

Součástí je také „mučírna“, vybavená předměty používanými k zajištění vězňů a při tzv. útrpných výsleších neboli tortuře. Ty „bezpečnější“ si mohou zájemci vyzkoušet na vlastním těle.