Klášter, tiše stojící nad řekou Lužnicí, ukrývá gotický architektonický klenot - největší soubor sklípkových kleneb v České republice. Součástí areálu kláštera je i kostel Nanebevzetí Panny Marie se třemi zázračnými sochami, které se za války dokázaly „ubránit“ vojákům a v dobách míru zázračně uzdravovali nemocné věřící.
Jednu z nejvýznamnějších středověkých architektonických památek Bechyně najdeme nedaleko náměstí, na skále nad řekou Lužnicí. Původní stavba, patrně z konce 13. století, zanikla během husitského dobývání Bechyně roku 1422. Na konci 15. století byl klášter v duchu pozdní gotiky znovu vystavěn. Obsahuje největší soubor sklípkových kleneb u nás. Za husitských válek byl klášter zničen a k jeho obnovení došlo až v roce 1491. Budova je trojkřídlá, s ambitem okolo čtvercového dvora. Již v roce 1785 byl vybudován v klášteře vodovod a od roku 1791 sloužila dětem škola v klášterním dvoře.
Ke klášteru je připojen pozdně gotický kostel Nanebevzetí Panny Marie. Je dvoulodní, zaklenutý sklípkovou klenbou. Presbytář zdobí síťová žebrová klenba. Centrální barokní kaple u jižní strany lodi pochází z roku 1725. V kostele je hodnotné zařízení z 18. století s mnoha renesančními náhrobky. V podzemí klášterního kostela bylo postupně postaveno několik hrobek, z nichž poslední přistavěli k chrámu roku 1898 Paarové. Kostel proslavily po celém kraji zázraky, které jsou připisovány dvěma soškám Panny Marie a plastice Ukřižování. Plastiky Panny Marie Bolestné (Piety) jsou obě gotické, Ukřižování je mladší, z druhé poloviny 16. století.
Úcta k těmto památkám začala prudce stoupat na samém počátku třicetileté války, neboť se jim podařilo téměř „zázračně“ přestát řádění stavovského vojska generála Jana z Bubna, jehož vojáci v září roku 1619 zničili téměř celý mobiliář kláštera, dokonce vnikli i do hrobky rodu Šternberků a ostatky zemřelých rozházeli po kostele. Vojáci se také snažili sochy všemožně zničit – jeden z vojáků hodil na krucifix kámen, ten se však odrazil a udeřil vojáka takovou silou, že „víc mrtvý než živý z kláštera byl vyveden“. Další čtyři měšťané vypovídali, že když se pak ostatní vojáci posmívali Ukřižovanému, obklopila kříž tak silná záře, že je zachvátila nepopsatelná hrůza. Větší soška Panny Marie přišla při plenění dokonce o hlavu. Jistý mušketýr jí „hlavu sťal“ a hrubými slovy se zhanobené soše posmíval v tom smyslu, že ji měl raději nechat celou, protože je hezká a měl by pěknou milenku. Jak však vět dořekl, vykřikl a padl jako podťatý. Když se pak probral, žádal sochu o odpuštění. Uťatá hlava zůstala ležet v kostele. Když sem po odchodu vojáků přišel tehdejší bechyňský konšel a zvedl ji ze země, hlava pootevřela ústa, jako by chtěla promluvit. Poslední ze tří zázračných památek, menší soška Piety, unikla ohni. Vojáci rozdělali na hřbitově u kostela oheň a pálili veškeré zařízení chrámu. Vhodili sem i Pietu, dokonce třikrát po sobě, ale soška vždy sama z ohně vyskočila ven. Mnoho svědků popisuje zázračná uzdravení. Například 10. května 1740 byl zázračně uzdraven synáček Václava Salaby, řezníka a radního města Týna, který si vidličkou vypíchl oko. „Přímluvou svatého obrazu vypíchnutého oka opětně nabyl“. Rodina Salabova byla velmi zbožná - z 11 dětí Václava Salaby se dvě dcery staly řeholnicemi. Syn Matěj (snad právě onen zachráněný) se rozhodl věnovat bohulibé činnosti a vypracoval se na uznávaného pražského lékárníka, jehož sama císařovna Marie Terezie obdařila titulem prvního dvorního lékárníka Království českého.