V hlavním sále se hned v úvodní části prohlídky můžete podívat na krátký film, který vás seznámí s historií a rekonstrukcí synagogy. Pak si zde prohlédnete maketu synagogy s popisem, jak která část kdysi fungovala, dále židovský svatostánek (aron-ha-kodeš) z již neexistující pardubické synagogy, velkoplošné fotografie šumavských vesnice zlikvidovaných po roce 1948, a další zajímavosti.
Na galerii, která byla dříve vyhrazena pro ženy, najdete expozici zaměřenou ke spolužití Čechů, Židů a Němců na Šumavě a zajímavé audionahrávky doplňující jednotlivé události a osudy lidí spjatých s Hartmanicemi. V podkroví si můžete prohlédnout Šumavu na starých fotografiích a také originální fragmenty z původní budovy.
V synagoze probíhají koncerty, přednášky, divadelní představení i besedy s pamětníky. Pro školy jsou připraveny speciální jedno či vícedenní projekty. V létě je otevřeno denně kromě pondělí, v zimě je provoz omezen.