Pouze několik staničních budov
koněspřežné želoeznice a zbytek trati jsou chráněny jako technické památky, na rakouské straně je část trati v provozu jako turistická atrakce. Na trati jezdily rychlostí koňského potahu
nákladní vlaky nazývané „transporty“ a od roku 1836 i
osobní vlaky nazývané „trainy“ pohybující se rychlostí poklusu koňského potahu. Hlavním důvodem pro stavbu železnice z Lince do Českých Budějovic byla
přeprava soli z rakouské Solné komory do Čech.
Vlaky jezdily podle jízdního řádu, přičemž celoročně jezdily nákladní vlaky a
osobní pouze od dubna do října.
Osobní vyjížděly každý den v 5 hodin ráno. Vždy jeden z Lince a druhý z
Budějovic. Potkaly se v poledne ve stanici Kerschbaum. Do cílové stanice dorazily v 19 hodin. Cesta trvala
včetně přestávky 14 hodin.
Posléze byla železnice přebudována na
parní provoz. Přestavba začala v roce 1868, provoz byl zahájen v roce 1872. Původní objekty, pokud je nepřevzala nová železnice, většinou zchátraly. Dodnes je část budějovicko-linecké dráhy
vedena v trase původní koňské železnice a nedaleko hranic – kde dnes už vlaky jezdí jinudy – existuje také krátký obnovený úsek „koňky“, kde se pořádají muzejní jízdy.
Pozůstatky bývalé dráhy
Podél trati byly rozmístěny strážní domky železničních strážníků, a to vždy u křižovatek železnice se silnicí nebo v těžko přehledných úsecích. Celkem jich bylo 52.
- České Budějovice – domek č. 1 se zachoval v Mánesově ulici č. 10. Od něho vedla trasa k. ž. dále do města přes Krumlovský rybník, původně po více než 400 m dlouhém mostu, který ve 30. letech 19. století nahradil zemní násep. Po Železném mostě vedla trať k. ž. do Biskupské ulice a dále Radniční ulicí do České ulice. Zde stála budova solního skladu (č. 66) a na rohu Piaristické ulice v Nisslově domě byla osobní pokladna, kanceláře a před ním nástupiště. Ve 30. letech byla k. ž. prodloužena k hostinci U Zelené ratolesti v Husově třídě.
- Holkov - staniční budova s koňskou stájí. V Holkově bývala první přepřahací stanice směrem od Českých Budějovic.
- Velešín - nedaleko Velešína u osady Holkov naleznete zachovalý násep a mostek s dřevěnými kolejnicemi. Přes něj vede kolej, která je kopií původního železničního svršku z roku 1828.
- Bujanov - bývalá staniční budova, tzv. "Koláčová stanice"
- Pšenice - strážní domek a zbytky drážního tělesa