Orel mořský byl podobně jako jiné druhy velkých dravců člověkem v minulosti pronásledován. Na území ČR byl vyhuben na přelomu 19. a 20. století. Do konce 19. století hnízdil v jižních Čechách a do začátku 20. století na jižní Moravě. Po zhruba 100 letech se do jižních Čech tito majestátní ptáci opět vrátili – v letech 1979 až 1984 bylo v oblasti vypuštěno devět mladých orlů mořských odchovaných v Německu. Díky přísné ochraně došlo následně k jejich rozšíření i do dalších oblastí. V současné době se odhaduje, že se v ČR vyskytuje 135-140 hnízdních párů. I v Moravskoslezském kraji hnízdí několik párů a přímo na území
Ostravy je možné pozorovat v určitou část roku na Heřmanickém rybníku potulní jedince na tahu.
Přes úspěšný návrat do přírody ČR a navzdory ochranářským opatřením však orel mořský i dnes čelí nebezpečí ze strany člověka, zejména kladením otrávených návnad (jed karbofuran), rušením při hnízdění či pytláctvím. Ohrožuje jej také znečištění prostředí chemickými látkami. Vzhledem k tomu, že jako predátor stojí na konci potravního řetězce, dochází v jeho těle ke kumulaci škodlivin.
V zoologických zahradách se tento druh téměř vůbec nemnoží. V ostravské zoo jsou orli mořští chováni od roku 2006, kdy jsme získali ze Záchranné stanice v Bartošovicích na Moravě asi dvouletého samce původem z přírody, kde byl vážně zraněn na vedení vysokého napětí. Vzhledem k jeho trvalému handicapu nemohl být vypuštěn zpět do přírody. V péči člověka však byl předpoklad, že se může stát úspěšným rodičem a pomoci rozšířit chovatelskou základnu tohoto dravce pro případné další repatriační aktivity. Koncem roku 2006 jsme k samci získali tohoroční samici ze Zoo Liberec. Pár spolu žil až do roku 2017, nikdy se však nerozmnožil. Proto jsme využili nezištné partnerské spolupráce se zoologickými zahradami sdruženými v Unii českých a slovenských zoo a po dohodě se Zoo Liberec provedli výměnu samic.
U velkých dravců není jednoduché sestavit spolehlivý harmonizující pár. Je zde celá řada úskalí: draví ptáci dospívají poměrně pozdě, takže musíme čekat i řadu let a až po této době třeba zjistíme, že si pár nesedí, že jeden z páru není spolehlivý v sezení na vejcích, že dokonce zabíjí mládě, že během té doby může také jeden z páru uhynout atd. Ostravští chovatelé mají dlouholeté zkušenosti s chovem a odchovem dalších druhů dravých ptáků a řada v Ostravě vylíhnutých mláďat byla bezplatně poskytnuta pro posílení genetické základny chované v lidské péči nebo pro vypuštění do volné přírody za účelem obnovení či posílení divoké populace. Jedná se například o orlosupy bradaté (13 jedinců), supy hnědé (5) či supy bělohlavé (7).
Odchov historicky prvního mláděte orla mořského v
Zoo Ostrava je, zdá se, na dobré cestě a věříme, že se v budoucnu podaří odchovat další mláďata. I tato by se pak mohla dále zapojit do chovu toho chráněného a kriticky ohroženého dravce v lidské péči, příp. do nějakého repatriačního projektu. Ať už v rámci České republiky, nebo celé Evropy.