Ves Nebovidy se poprvé písemně připomíná v roce 1268, kdy zde měl majetek Kunata z Nebovid. Na počátku 14. století ves náležela Pavlovi z Nebovid, uváděnému v letech 1325 – 27. V průběhu 14. století byly Nebovidy rozděleny na dvě části a v každé z nich vznikla tvrz.
Dolní část Nebovid náležela v roce 1407 Janovi ze Struhařova a již jeho nástupce, Petr ze Struhařova, ji před rokem 1436 postoupil Václavovi z Klenové. Ten prodal tvrz i s dolní částí vsi Janovi z Kozojed, bratru své manželky. Při tomto prodeji se také poprvé zmiňuje tvrz, která tak vznikla nejspíše již na počátku 15. století.
Dne 30. 7. 2001 bylo zabráněno jejímu zboření, když byla prohlášena Ministerstvem kultury kulturní památkou. Po nezbytném prvním zajištění krovů v roce 2008 čeká tvrz v Nebovidech na další opravu a následné důstojné využití.