V průběhu 18. a 19. století zaznamenala památka řadu druhotných úprav včetně úpravy střechy a osazení nových trámových stopů a barokních kleneb i klasicistně řešených výplní otvorů. Tyto změny ale nezastřely původní architektonický ráz objektu.

Tvrz Kobylků z Kobylího v Podolí představuje i přes četné stavební úpravy a novodobé utilitární zásahy pozoruhodně dochovaný příklad panského síla drobné šlechty z druhé poloviny 16. století. Od roku 1948 po konfiskaci hostince a využíváním místním JZD, později organizací Svazarm objekt postupně chátral a dokonce došlo na vydání demoličního výměru. Střecha stavby byla zcela nefunkční s poškozeným krovem, v jižní části domu chyběly stropní konstrukce nad prvním patrem, rovněž dřevěné stropy v přízemí byly poškozené. Narušená byla statika domu s velkými trhlinami a prověšením barokních kleneb síní v přízemní i patře. Vnitřní a vnější omítky včetně sgrafitové výzdoby byly rozvolněné působením vlhkostí, kterou trpěl celý objekt. Většina výplní otvorů byla poškozená či zcela chyběla. Budova byla dlouho prázdná a bez využití.

Zlom ve stavu tvrze nastal v roce 2003, kdy objekt získal stávající soukromý majitel Pavel David, který zahájil její památkovou obnovu. Vzhledem k velmi vážnému stavu celé stavby byla obnova zahájena v roce 2004–2005 opravou střechy a první etapou statického zabezpečení.

Dokončení zajištění objektu s vložením ocelové ztužující konstrukce nad prvním patrem stavby bylo provedeno v roce 2015.