Předmětem ochrany
přírodní památky Malý Stolec je geologický útvar (zachovalá, netěžená část
čedičového příkrovu a částečně odtěžené
čedičové sloupy), kamenné moře, suché trávníky a charakteristické teplomilné druhy
flóry a fauny. Součástí je také skalní masiv Sluneční skály, který nabízí horolezcům 4 cesty nebo skalní masiv Skály v lomu se zpřístupněnými 8 cestami.
Pro následující léta Karlovarský kraj připravil seznam území, která čekají na podpůrné zásahy ke zlepšení stavu přírodních rezervací a památek v regionu. V roce
2021 by mělo dojít k
obnově přírodní památky Malý Stolec ve
Stráži nad Ohří.