Uvnitř baziliky se mj. nachází trojdílná rodinná hrobka gallaských pánů a původní presbytář se starým polním oltářem Albrechta z Valdštejna, v jehož podstavci trůní stařičký pařez lípy. Na hlavním oltáři pak můžeme spatřit sošku ochranitelky Mater Formosy ze 14. století. Před chrámem symbolicky obklopeným korunami lip stojí také několik barokních plastik a mariánský sloup ze 17. století.
Nejcennějším předmětem je dřevěná gotická plastika Černé Madony z roku 1380. Před chrámem stojí Mariánský sloup z roku 1695. V místě najdeme i cenné umělecké sochy z období baroka – sochy Sv. Václava, Sv. Jana Nepomuckého a boží muka. V chrámu je také umístěna expozice Hejnického Betlému z 18. století, jehož tvůrce je neznámý. Prokazatelně se však jednalo o místního umělce, protože Betlém zachycuje výjevy ze života františkánů a zobrazuje okolí Hejnic. Kromě historických cenností nevyčíslitelné hodnoty si můžete v bazilice v letní sezoně nepravidelně o sobotách vychutnat koncerty vážné hudby.
Z historie poutního místa v Hejnicích
Podle pověsti bylo toto prastaré poutní místo založeno v roce 1211 chudým sítařem a řešetářem z nedaleké obce Lužec. Ten, spící pod lipou, pomocí hlasů andělů ve snu pomohl uzdravit svou ženu a dítě. Na místě lípy byl postaven důstojný dřevěný kostel, který však postupem času nedostačoval obrovskému počtu poutníků, a proto byl roku 1252 nahrazen kamennou kaplí s gotickým klenutím, která je v bazilice k vidění dodnes. Mezitím kostel několikrát změnil majitele. Přemyslovci jej prodali Bibrštejnům a poté připadl v polovině 16. století pánům z Redernu. Katolický kostel se protestantským Redernům stal trnem v oku a nechali ho zavřít.
Nový majitel panství, Albrecht z Valdštejna, nechal svatostánek opět otevřít. Krátce po jeho smrti daroval císař Ferdinand II. celé liberecké panství tyrolským Gallasům (roku 1634). Za jejich vlády dosáhl věhlas poutního místa svého vrcholu, na tradiční mariánské svátky se každoročně scházelo kolem sedmi tisíc poutníků. Hrabě Ferdinand Gallas povolal do Hejnic bratry františkány, aby sloužili věřícím po duchovní i hmotné stránce. Odměnou za jejich službu jim byl koncem 17. století postaven čtyřkřídlý jednopatrový klášter. Ve třicátých letech 18. století pak byl dosavadní kostel nahrazen impozantní bazilikou Navštívení Panny Marie, jak ji známe podnes.