Budova sboru, ve které dnes sídlí Památník Jana Amose Komenského, je součástí Areálu bývalého bratrského sboru ve Fulneku. Ten zde vznikl v roce 1484. Při modlitebně existovala svobodná bratrská škola, zahrada, patrně i hřbitov a obydlí správce.
Dnešní podoba je výsledkem mnoha stavebních úprav. V letech 1618-1621 byl správcem místního sboru Jan Amos Komenský a s jeho odchodem v roce 1621 zanikl i sbor. Pozdější snaha kapucína P. Bonaventury při rekatolizační misii ve Fulneku vysvětit modlitebnu na katolický kostel sv. Václava se neujala. V druhé polovině 17. století ztratil kostel svůj účel a stal se sýpkou a dokonce i panskou jízdárnou. V roce 1691 objekt zakoupil fulnecký měšťan Eliáš Knurr, který ve své závěti z roku 1699 stanovil, aby byl objekt upraven jako špitál pro šest chudých starců.
Kaple byla znova vysvěcena roku 1706. Svému novému účelu budova sloužila ještě v průběhu 19. století, avšak objekt dosti chátral. Areál byl v roce 1962 vyhlášen národní kulturní památkou.
Expozice v Památníku se poprvé realizovala v roce 1954, v roce 1957 byla rozšířena na celou budovu a v roce 1967 byla stará expozice nahrazena novějším provedením dle téhož libreta. Podruhé byla otevřena nová expozice v roce 1970 a potřetí v roce 1992 ke 400. výročí narození J. A. Komenského. Muzeum Novojičínska připravuje na rok 2021 otevření nové expozice nazvané Na prahu vichřice, která návštěvníkům představí Jana Amose Komenského tak, jak jej měli možnost poznat měšťané malého poddanského města na prahu třicetileté války.
Jan Amos Komenský byl v letech 1618–1621 posledním správcem fulneckého českobratrského sboru. Architektura modlitebny, pozdějšího špitálu s kaplí sv. Wilgefortis, je v jádru renesanční, její současná podoba je výsledkem přestavby z počátku 18. století.
Rekonstrukce Památníku Jana Amose Komenského ve Fulneku
Moravskoslezský kraj jakožto zřizovatel Muzea Novojičínska, které spravuje Památník Jana Amose Komenského ve Fulneku, obnoví v rámci projektu IROP budovu sboru, ve které dnes sídlí Památník Jana Amose Komenského, a která je součástí Areálu bývalého bratrského sboru ve Fulneku.
V roce 2020 proběhla kompletní generální rekonstrukce objektu a v následujícím roce započala instalace nové stálé expozice. Nová expozice Památníku J. A. Komenského ve Fulneku je technicky inovativní, avšak prokazuje úctu k historickému místu, k původnímu Bratrskému sboru ve Fulneku, založeném již v roce 1484. Kostelu, kde kázal "učitel národů" bratr Jan Amos Komenský, se vrátil původní obsah, který dotváří multifunkční prostor, splňuje požadavky bratrských bohoslužeb se základními funkcemi muzea (výstavní a přednáškový sál). Známé misijní modlitebny Jednoty Bratrské tyto požadavky přirozeně spojují dodnes.
Nová expozice: Na prahu vichřice
Expozice v červnu 2021 představí Jana Amose Komenského jako mladého šestadvacetiletého člověka, který přišel do Fulneku na prahu třicetileté války. Prostřednictvím intermediálních prvků (videomappingu, projekcí...) nabídne expozice emotivní zážitek z prohlídky. Nebudou chybět ani repliky dobových předmětů, jako jsou zbraně a oděvy.
Další část expozice v mezipatře budovy bude věnována liturgii a kancionálnímu zpěvu v jednotě bratrské – některé písňové texty psal i sám Komenský. Stálá výstava rovněž připomene Komenského tvorbu. Ve Fulneku napsal spis Listové do nebe a pracoval také na mapě Moravy.