Budova sboru, ve které dnes sídlí Památník Jana Amose Komenského, je součástí Areálu bývalého bratrského sboru ve Fulneku. Ten zde vznikl v roce 1484. Při modlitebně existovala svobodná bratrská škola, zahrada, patrně i hřbitov a obydlí správce.
Dnešní podoba je výsledkem mnoha stavebních úprav. V letech 1618-1621 byl správcem místního sboru Jan Amos Komenský a s jeho odchodem v roce 1621 zaniká i sbor. Pozdější snaha kapucína P. Bonaventury při rekatolizační misii ve Fulneku vysvětit modlitebnu na katolický kostel sv. Václava se neujala. V druhé polovině 17. století ztratil kostel svůj účel a stal se sýpkou a dokonce i panskou jízdárnou. V roce 1691 objekt zakoupil fulnecký měšťan Eliáš Knurr, které ve své závěti z roku 1699 stanovil, aby byl objekt upraven jako špitál pro šest chudých starců.
Kaple byla znova vysvěcena roku 1706. Svému novému účelu budova sloužila ještě v průběhu 19. století, avšak objekt dosti chátral. Areál byl v roce 1962 vyhlášen národní kulturní památkou.
Expozice v Památníku se poprvé realizovaly v roce 1954, podruhé v roce 1970 a potřetí v roce 1992 ke 400. výročí narození J. A. Komenského.
Jan Amos Komenský byl v letech 1618–1621 posledním správcem fulneckého českobratrského sboru. Architektura modlitebny, pozdějšího špitálu s kaplí sv. Wilgefortis, je v jádru renesanční, její současná podoba je výsledkem přestavby z počátku 18. století.
Rekonstrukce Památník Jana Amose Komenského ve Fulneku
Moravskoslezský kraj jakožto zřizovatel Muzea Novojičínska, které spravuje Památník Jana Amose Komenského ve Fulneku, obnoví v rámci projektu IROP budovu sboru, ve které dnes sídlí Památník Jana Amose Komenského, a která je součástí Areálu bývalého bratrského sboru ve Fulneku.
Do roku 2020 by měla proběhnout kompletní generální rekonstrukce objektu včetně nové stálé expozice. Nová expozice Památníku J. A. Komenského ve Fulneku bude technicky inovativní, avšak bude prokazovat úctu k historickému místu, k původnímu Bratrskému sboru ve Fulneku, založeném již v roce 1484. Kostelu, kde kázal "učitel národů" bratr Jan Amos Komenský, se vrátí původní obsah, který bude dotvářet multifunkční prostor, který bude splňovat požadavky bratrských bohoslužeb se základními funkcemi muzea (výstavní a přednáškový sál). Známé misijní modlitebny Jednoty Bratrské tyto požadavky přirozeně spojují dodnes. Technicky bude v tomto gotickém prostoru vymyšleno citlivé osvětlení, možnost zatemnění, ozvučení a 3D projekce. Výměnným výstavám by měl sloužit mobilní fundus.
Projekt je spolufinancován ze strukturálních fondů z Integrovaného regionálního operačního programu.