Sedmi parašutistům (Adolf Opálka, Jozef Gabčík, Jan Kubiš, Josef Valčík, Josef Bublík, Jan Hrubý a Jaroslav Švarc), kteří byli na tento vojenský úkol speciálně vycvičeni, se po jeho provedení nepodařilo včas opustit Prahu a v tomto kostele za pomoci pravoslavné církve získali vhodný úkryt. Říšská policie po nich okamžitě zahájila rozsáhlé pátraní, zatkla a vyslýchala velké množství osob. Kvůli zradě výsadkáře Karla Čurdy a sérii několika výslechů se nacistům po třech bezradných týdnech podařilo vypátrat úkryt vykonavatelů Heydrichova atentátu – paradoxně chvíli před tím, než měli být výsadkáři odvezeni z krypty do bezpečného úkrytu. Několikahodinový boj nakonec ukončili sami parašutisté – ti, kdo doposud žili, volili dobrovolnou smrt.
Dne 18. června 1942 příslušníci SS a Gestapa obklíčili kostel a brzy ráno zde došlo k boji. Bojovalo se uvnitř kostela, na kůru i v kryptě. Na vnější zdi krypty jsou dodnes patrné stopy po kulkách. Protože byl tento boj od začátku ztracený, nechali si parašutisté své poslední kulky pro sebe a také je použili. Když hlavní jednotky Němců pronikly do kostela, byly již hrdinové národa mrtvi. Představitelé Československé církve husitské s biskupem Gorazdem v čele byli zatčeni a popraveni. Na základě této události byla také Československá pravoslavná církev roku 1942 dočasně zrušena.
Před kryptou a v kryptě kostela naleznete expozici věnovanou právě osudům statečných parašutistů. Kromě základních informací o období let 1938 až 1945 je výstava doplněna o řadu unikátních předmětů a audiovizí. V úvodu se seznámíte s osudovými dny podzimu 1938, historií vzniku Protektorátu Čechy a Morava v březnu 1939, nástupem Reinharda Heydricha do funkce zastupujícího říšského protektora v září 1941 a nastolením krvavého teroru na našem území. Další část líčí okolnosti příprav atentátu a průběh operace Anthropoid až do jejího vyvrcholení dne 27. května 1942. Závěr expozice je věnován tragickým osudům parašutistů i jejich spolupracovníků z řad domácího odboje (zvláště příslušníků Sokola a české pravoslavné církve), bez jejichž pomoci by se atentát nemohl nikdy uskutečnit.
V kryptě pravoslavného chrámu sv. Cyrila a Metoděje jsou pak umístěny bronzové busty parašutistů, kteří zde padli (dílo akad. soch. Milana Bendy), spolu s jejich životopisy.