Muzeum podrobně dokumentuje život a dílo tohoto slavného místního rodáka i historii a tradice Uherskobrodska.
Stálá expozice Komenský lidstvu, věnovaná životu a dílu významného rodáka, je doplněna o expozici regionální historie a etnografie s názvem Starožitnosti Uherskobrodska. Mimo tyto expozice muzeum spravuje expozici Pamětní síň JUDr. Václava hraběte z Kounic na Panském domě v Uherském Brodě a etnografickou expozici Rolnický dům a hospodářství ve Vlčnově.
Zájemci mohou rovněž navštívit řadu krátkodobých tematických výstav připravovaných podle ročního výstavního plánu. Součástí muzea je rovněž obsáhlá knihovna s významnou regionální a komeniologickou literaturou.
Úkolem muzea je soustřeďovat dokumenty o životě a díle J. A. Komenského a umělecká díla všech oborů, mající vztah k činnosti této osobnosti. Rozsah působnosti muzea pokrývá území celé České republiky a muzeum úzce spolupracuje i se zařízeními obdobného charakteru v zahraničí.
Muzeum J. A. Komenského v Uherském Brodě plní své poslání již od svého zřízení také jako specializované muzeum pro historii a národopis Uherskobrodska.
Japonská zahrada přátelství
Japonská zahrada přátelství připomíná navázání partnerské spolupráce Uherského Brodu s
japonským městem Tsukiyono v roce 1995.
Zahrada byla vytvořena na podzim roku 1998
pěti japonskými architekty. Pro její instalaci bylo vybráno nádvoří ředitelství muzea J. A. Komenského. Jedná se o suchou zahradu tzv. "
Karesansui", která
symblizuje krajinu s horami, stromy a řekou, v níž je voda pouze naznačena oblázky nebo pískem. Pro japonskou zahradu jsou charakteristické kameny, naznačující hory,
bambus, jehličnany a výrazné listnaté stromy.
Muzeum Jana Amose Komenského v Uherském Brodě 
Instituce byla oceněna v
Národní soutěži muzeí Gloria musaealis:
2011 – Cena Českého výboru ICOM – za projekt „Zachráněné nehmotné kulturní dědictví – 25 let Festivalu masopustních tradic“