Kostel ve svém jádru skrývá
románskou rotundu z 12. století a stojí na základech gotického kostela, který byl
zničen Švédy na sklonku třicetileté války roku 1648. I při jiných válečných událostech doplácel objekt na tu skutečnost, že stál v blízkosti velké vojenské pevnosti,
Vyšehradu. Do dnešní podoby, prosté barokní jednolodní stavby se samostatně stojící
zvonicí, byl postaven
jezuity ke konci 17. století.
Zvonice je čtyřboká
věžovitá stavba, do jejíž severní zdi je zasazena kartuše s dnes nečitelným nápisem. Je patrová, s půlkulatými okny, zakončená helmicovitou střechou, lucernou a makovicí. V souvislosti s výstavbou metra trasy C byly její základy zpevněny, jelikož přímo pod ní a kostelem v hloubce patnácti metrů vedou tunely pro metro. Výška zvonice je 19, 4 m.
Od roku 1700 ve zvonici visí velmi
vzácný zvon, jeden z nejstarších v Čechách. V roce 1505 ho ulil významný
zvonař Bartoloměj Pražský. Plášť zvonu je ozdoben příslušnými nápisy a reliéfem zpodobňujícího sv. Jakuba Menšího držícího v levé ruce knihu. V roce 2003 musel být pozdně gotický zvon, jehož průměr činí 120 cm, výška 86 cm a váha 350 kg demontován a provedena oprava závěsu. Od opětného zavěšení bdí nad jeho vyzváněním počítač.