Původně sloužil kostel v Černém Dole protestantům, v roce 1651 zde žilo pouze 6 katolíků. Morzinové se jako katolická vrchnost nesmlouvavě a tvrdě snažili převádět poddané ke katolictví. Nekatolíci se však ve značném počtu v horách udrželi. Hory jim poskytovaly nejen úkryt, ale i styk s emigrací v sousedním Slezsku. Pro potlačení tohoto nežádoucího vlivu, byli do Vrchlabí povoláni augustiniáni. Vrchnost od těchto obutých poustevníků požadovala především kazatelskou činnost. Řádoví kněží pak sloužili v horských farnostech jako administrátoři a kaplani a šířili tak víru pravou.

Poslední přestavba proběhla v letech 1830-1832, kdy byl kostel také prodloužen. V roce 2007 byla upravena ohradní zeď kostel.a

Kostel je od roku 1958 chráněn jako kulturní památka.