Kostel sv. Linharta vznikl
před polovinou 13. století v souvislosti se
založením obce Mušov. Původní kostel měl o polovinu menší půdorys než dnes. K jeho zvětšení došlo při gotické přestavbě – nová loď byla rozšířena a starý presbytář nahradilo prostorné kněžiště. Kostel se stal
cílem poutníků putujících ke svatému Linhartovi,
patronovi vězňů a zločinců. Tradice se zachovala až do poloviny 17. století.
Za třicetileté války zanikly poutě a zdejší fara byla přičleněna k obci Perná. Ve 2. polovině 18. století se kostel dočkal další přestavby, tentokrát barokní. Největší změnou byla
výstavba nové severní věže, která nahradila původní románskou. Poslední výraznou změnou vzhledu prošel kostel na počátku minulého století, kdy získal
novogotickou podobu.
Navzdory
odporu obyvatel Mušova musela obec na konci 70. let ustoupit výstavbě
novomlýnských nádrží. Ještě předtím v roce 1975, kdy začala stavba Horní nádrže, zanikly rozsáhlé lužní lesy evropského významu s vzácnými druhy mokřadní fauny a flóry.
Vojska ministerstva vnitra srovnala se zemí více než sto rodinných domů, přestěhovat se muselo zhruba pět stovek lidí. Starousedlíci si mohli vybrat – buď získat náhradní bydlení, nebo finanční kompenzaci. V lednu
1980 byl Mušov vymazán ze seznamu obcí v Československu, o sedm let později obec definitivně pohřbily miliony kubíků vody. Díky úsilí památkářů zůstal
zachován alespoň kostel sv. Linharta, který dodnes stojí na malém na ostrůvku
uprostřed střední novomlýnské nádrže, která je od roku 1994 přírodní rezervací, takže
není běžně přístupný.
Od roku 1999 byla majitelem kostela
obec Ivaň. Od roku 2008 se v létě o
ostrůvek a další ostrovy stará kyjovské občanské sdružení pro drogově závislé
Krok. Samotná stavba je staticky zajištěná, ale celková oprava kostela by podle údajů z roku 2012 mohla dosáhnout až 16 milionů korun.
V roce 2012 byl převeden zpět do majetku Pasohlávek. Kolem kostela se nacházel hřbitov.
Od roku 2015 je
spuštěna veřejná sbírka, která má za cíl shromáždit finanční prostředky určené k záchraně
kostela sv. Linharta.