Duchovní správa byla v Horní Bečvě zřízena roku 1792, kdy byl také postaven samotný kostel zasvěcený svatým mučedníkům Janu a Pavlu. Slavnostní vysvěcení proběhlo 23. května 1802. Současně byla zřízena fara, kde se záhy začalo vyučovat – do té doby musely místní děti docházet do školy v Hutisku.

V průběhu staletí prošel kostel několika úpravami, nejvýznamnější rekonstrukce proběhla po druhé světové válce v letech 1946–1947. Podle pamětní desky byla obnovena se vzpomínkou na generála duchovní služby Methoděje Kubáně a všechny oběti války. Farní budova získala svou dnešní podobu v letech 2011–2015.

V kostele se konají bohoslužby každý den v 7:30, v neděli navíc i v 10:00. Kolem chrámu prochází žlutě značená turistická stezka a cyklotrasa č. 6015, takže návštěvníci jej mohou snadno zařadit do svého výletu po krásách Horní Bečvy a okolních Beskyd.