V polovině 14. století
sloužil kostel jako benediktinský klášter, ale odhaduje se, že vznikl mnohem dřív. V klášteře byla v 15. až 17. století zřízena bratrská škola českých bratří. Po bitvě na Bílé hoře se areál dostal do rukou katolické církve a ta jej v
barokním slohu přestavěla. V roce 1784 – 85 zde piaristé zřídili gymnázium a kolej, která se předtím nacházela v Kosmonosech.
Kostel byl ve 20. století zcela zdevastován a sloužil jako
sklad Okresního bytového družstva. Po revoluci objekt dál bezostyšně chátral až do roku 2007, kdy bylo otevřené
Vzdělávací centrum Škoda Auto Na Karmeli.
Firma Škoda Auto a.s. vedle kostela vybudovala svojí
vysokou školu a v rámci projektu
zrekonstruovala a otevřela i kostel sv. Bonaventury. Dokonale propojila současnou moderní architekturu s renovací kostela a přilehlého okolí. Nyní kostel opět září, jako v době své největší slávy.