Kostel vznikl v letech 1581-1598, a to jako
protestantský hřbitovní kostel – z té doby se dochoval presbytář, okna presbytáře, sakristie s fragmenty nástěnný maleb a dvě věže.
Během třicetileté války byl zpustošen a přešel pod správu Martiniců, kteří povolávají františkány, aby při kostele založili
klášter. Téměř současně se založením kláštera je postavena uprostřed hlavní lodi kostela
loretánská kaple (1657), kterou nechává postavit hrabě Bernard Ignác z Martinic jako výraz tehdejší mariánské úcty. Roku 1665 je kostel po požáru
barokně přestavěn, pravděpodobně italským architektem Domenicem Orsi.
Z interiéru kostela stojí za zmínku
varhany z roku 1776, postavené Antonínem Reissem, které byly zakomponované do hlavního oltáře (
na našem území řešení zcela ojedinělé). Dochovalo se bohužel pouze jejich torzo a rekonstrukce si vyžádá značné náklady.
Františkáni žijí ve Slánském klášteře až do roku 1950, kdy byli v rámci režimem organizované akce "K" vystěhováni a klášter jim byl zabaven.
Během doby komunismu sloužil klášter k nejrůznějším účelům: byla zde
věznice s lehkou ostrahou,
autoškola svazarmu nebo
zoologická zahrada. Celý objekt velmi chátral.
V devadesátých letech byl zdevastovaný klášter
vrácen františkánům a ti ho darovali bosým karmelitánům.
Karmelitáni přišli do
Slaného v roce 1996 a zahájili rozsáhlou rekonstrukci celého areálu i svého poslání.