Kostel, původně klášterní kostel ženského cisterciáckého řádu, prošel v průběhu staletí mnohými přestavbami a úpravami.
Původní cihlové zdivo v nejstarší části kostela je vázáno raně gotickou vazbou, v odborné literatuře nazývanou „sezemická vazba“, a pochází z první poloviny třináctého století. Dvě postranní gotické kaple kostela, kaple sv. Antonína a kaple sv. Anny, pocházejí ze 14. století. Barokní přestavba kostela v
Sezemicích proběhla v 18. století. Chrámová loď je vyzdobena nádhernými nástropními freskami
Josefa Kramolína z roku 1784.