Kostel Nejsvětější Trojice sloužil osadníkům pražského
Podskalí. Předchůdcem dnešní svatyně byl nejspíš podskalský
kostel sv. Ondřeje (sv. Antonína), pravděpodobně z počátku 14. století. O kostele existuje zajímavá pověst, že
řemeslníci, kteří pracovali na
Emauzském klášteře, ve svém
volném čase stavěli z ušetřeného materiálu tento kostel. Kolem kostela se dříve rozkládal hřbitov, ale v roce 1420 během bojů bitva pod
Vyšehradem byl kostel vypálen a pobořen.
Na ruinách původního kostela byl roku
1476 vystavěn svatostánek
nový, který byl zasvěcen
Nejsvětější Trojici. Během této výstavby byl kostel vyzdoben pozdně
gotickými freskami. Původně gotická stavba byla přestavěna po roce
1728 v
barokním slohu a v témže století byla ještě rozšířena. Zástavba za kostelem v ulici Trojické směrem k řece vznikla v místech původních zahrad, ohrad a různých účelových drobných staveb, zbořených do roku 1894. Ulice byla v roce 1900 nově upravena a prodloužena v úseku mezi ulicí Pod Slovany a Vltavou.
Kostel byl v
70. letech 20. století rekonstruován a následně v roce 1995 vymalován, ale již v roce
2002 přišla velká
povodeň, která tento kostel poškodila. Následně prošel kostel dalšími opravami.
Zajímavosti z interiéru kostela
Na stěně za hlavním oltářem se nachází
zbytky pozdně gotických fresek z konce 15. století.
Oltář pochází z roku
1680. Nad ním je zasazen deskový obraz Nejsvětější Trojice z počátku 17. století. Po pravé straně před oltářní mřížkou je umístěna
křtitelnice z červeného sliveneckého
mramoru, zhotovena Františkem Jedličkou roku 1831. V dušičkové kapli visí na oltáři kříž a po stranách oak dřevěné barokní sochy Pany Marie sv. Jana, apoštola. Na kůru se nacházíejí barokní jednomanuálové
varhany z 18. století.
Ve věži jsou zavěšeny
dva zvony: Josef z roku 1559 a Marie z roku 1549, oba od Brikciho s nápisy. Třetí, největší zvon, Václav, byl zabaven a odvezen za 2. světové války. V sanktusové věžičce visí
zvon Nejsvětější Trojice z roku 1707.