Historie kostela sahá do 14. století, kdy jej na místě původního, pravděpodobně požárem zničeného kostela nechali roku 1373 postavit rožmberští páni. Kostel se brzy stal důležitým duchovním centrem regionu – už roku 1386 jej rod Rožmberků obdaroval vsí Potálov, aby měl farář prostředky na duchovní správu a mohl držet kaplana. V období husitských válek však Malšice i jejich okolí zažívaly těžké časy a kostel i fara zůstaly na jistý čas opuštěné, než se v druhé polovině 15. století život farnosti opět obnovil.
Příběh kostela se nadále vyvíjel spolu s proměnami panství.
Malšice postupně přešly ze správy Rožmberků k pánům Želečským a po roce 1596 pod bechyňské panství Adama ze Šternberka. Z této doby pochází také velký zvon, který daroval Petr Vok z Rožmberka roku 1583. V 18. století došlo pod patronátem rodu Lobkoviců k zásadní obnově duchovního života v obci – roku 1739 byla znovu zřízena fara a krátce poté kníže Ferdinand Filip Lobkovic nechal vystavět nový kostel i školní budovu. Ta zajistila místního kantora a varhaníka, kteří byli pro život farnosti nepostradatelní.
Kostel Nejsvětější Trojice tak dodnes nese stopy bohaté historie spojené s významnými šlechtickými rody i proměnami okolního kraje. Kolem kostela vede cyklostezka z
Tábora do
Bechyně a
Týna nad Vltavou.