Barokní budova kláštera, která získala svůj vzhled v 17. a 18. století, patří dnes k nejhodnotnějším dílům středoevropské barokní architektury.
Samotný klášter Hradisko založil v 11. století moravský přemyslovský kníže Ota I. Sličný s manželkou Eufemií, pravnučkou uherského krále Štěpána I. V únoru 1078 za přítomnosti knížete Vratislava byl klášter zasvěcen prvnímu křesťanskému mučedníkovi Štěpánovi a současně na Hradisko vstoupil řád benediktinů. Kolem roku 1150 z Hradiska odešli benediktini a klášter získali premonstráti. V 15. století byl klášter po obsazení husity zbourán, dle rozhodnutí Olomoučanů. Znovuobnovený klášter byl znovu osídlen v roce 1498.
Po zrušení semináře v roce 1790 připadly objekty bývalého kláštera armádě. Ta zde nejprve zřídila pevnostní skladiště, v roce 1800 zajatecký tábor francouzských vojáků a od ledna 1802 vojenskou nemocnici. Ta zde sídlí dodnes a je tak nejstarší vojenskou nemocnicí v celé České republice. V prostorách bývalé márnice postavené v roce 1909 navíc vzniklo muzeum, kde je k vidění expozice z historie nemocnice sahající až do období první republiky.